El valor de la biodiversidad herreña que albergan los distintos ecosistemas queda bien reflejado en la diversidad de especies. En el Hierro se han contabilizado 2604 especies de flora y fauna según la Lista de Especies Silvestres de Canarias, de las que 642 son endémicas, incluyendo 101 endemismos insulares exclusivos. Además, el incremento de especies conocidas es notorio, cifrándose en un 8,3% para el período 2000-2004 (BIOTA).
Mapa densidad de especies protegidas. SITCAN (Sistema de Información Territorial de Canarias). Leyenda
Además de las especies en peligro o amenazadas, el Catálogo Canario de Especies Protegidas de Canarias establece la figura de “Especies de Interés para los Ecosistemas Canarios”. En relación a la flora vascular herreña se distinguen las siguientes: Crambe feuille y Cymodocea nodosa. Además, en el Anexo V (Categoría supletoria en el Catálogo Canario en caso de disminución de la protección en el Catálogo Nacional de las Especies con presencia significativa en Canarias) se mencionan: Cheirolophus duranii y Androcymbium hierrense ssp hiérrense.
Entre los mamíferos endémicos, se incluyen 3: Pipistrellus maderensis, Plecottus teneriffae, y Tadarida teniotis.
A su vez, el Plan Insular de Ordenación de El Hierro cita como principales especies: Argyranthemum adauctum ssp erythocarpon, A. hiérrense, A. sventenii, Cheirolophus duranii, Pericallis murrayi, Sonchus gandogeri, S. lidii, S. pitardii, Echium hiérrense, Crambe feuille, Silene sabinosae, Aeonium valverdense, Adenocarpus ombriosos, Micromeria varia ssp hierrensis, Sideritis ferrensis, Limonium brassicifolium ssp brassicifolium, Bencomia sphaerocarpa, Scrophularia smithii ssp hierrensis, Androcymbium hierrense ssp hiérrense, Holcus mollis ssp hierrensis.
Entre las aves, además de las amenazadas, se considera de interés para los ecosistemas Scolopax rusticola, y en el Anexo V figuran: Columba bolli, C. junoniae, Falco peregrinoides y Oceanodroma castro.
En relación a las incluidas en la Categoría de “interés especial en el Catálogo Estatal” encontramos: Accipiter nisus granti, Anthus b. berthelotii, Apus pallidus, Apus unicolor, Asio otus canariensis, Bulweria bulwerii, Buteo buteo insularum, Burhinus oedicnemus distinctus, Calonectris diamedea borealis, Erithacus r. rebecula, Falco tinnunculus canariensis, Fringilla coelebs ombriosa, Hydrobates pelagicus, Parus caeruleus ombriosus, Petronia p.petronia, Phylloscopus c. canariensis, Puffinus assimilis baroli, Regulus regulus teneriffae, Sterna dougalli, Sterna hirundo, Sylvia atricapilla Heineken, Sylvia conspicillata orbitalis, Sylvia melanocephala leucogastra, Tyto a. alba, Upupa epops.